この物語の主人公、小林芳狼は少年探偵団初代団長・小林少年のひ孫なのであるー。そんな芳狼の目の前に10年間行方を眩ましていた怪人二十面相が姿を現す。そして二十面相は「約束の時は近い」とだけ言い残し去って行くのだった。果たして二十面相の言う『約束』の真意とは…？揺れ動く芳狼の周りで次々と巻きこまれる怪事件の数々。学園七不思議の一つ”青毛布の者”騒動、中等部生徒失踪事件、突如現れる謎の電人。そして芳狼自身も知らない秘められた能力が覚醒する—。奔走する芳狼を支えるのは、明智小五郎のひ孫である小夜や幼馴染みのワタリを始めとした個性豊かなメンバー達。全ての謎が絡み合い、答えが見つかるとき、今こそあの「少年探偵団」が復活する！その名も「超・少年探偵団NEO」！！
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